Absolwent Szkoły Głównej Handlowej w Warszawie, podyplomowych studiów z zakresu prawa i administracji Uniwersytetu Wrocławskiego oraz zarządzania wartością firmy na SGH. W 2002 roku ukończył Advanced Management Programme, na uczelni INSEAD w Fontainebleau we Francji.
W latach 1994-2001 pełnił funkcję wiceprezesa zarządu ds. finansów w PKN Orlen. Był także prezesem Elana S.A. oraz operatora telefonii komórkowej Polkomtel S.A. W ostatnich latach Marek Mroczkowski pełnił funkcję wiceprezesa ds. finansów, a przez osiem miesięcy kierował zarządem czeskiego holdingu "Unipetrol". Ostatnio pełnił  funkcję Prezesa Zarządu w litewskiej spółce  Możejki  NAFTA AB. zajmującej się przetwarzaniem ropy naftowej, należącej do polskiego koncernu PKN Orlen.